Uw huidige browser heeft updates nodig. Zolang u niet update zullen bepaalde functionaliteiten op de website niet beschikbaar zijn.
Let op: het geselecteerde rooster heeft overlappende bijeenkomsten.
Volgens onze gegevens heb je nog geen vakken behaald.
Je planning is nog niet opgeslagen
Let op! Uw planning heeft vakken in dezelfde periode met overlappend timeslot
Genomica
Cursusdoel
Leerdoelen
In het eerste deel van de cursus krijg je inzicht in de principes en concepten van klassieke- en systeemgenetica, genetische technieken, genotype-fenotype interacties en hoe genen geïdentificeerd en onderzocht kunnen worden. In het tweede deel leer je basisconcepten en vaardigheden van bioinformatica kennen en toepassen.
In het bijzonder leer je:
Vaardigheden
In het eerste deel van de cursus krijg je inzicht in de principes en concepten van klassieke- en systeemgenetica, genetische technieken, genotype-fenotype interacties en hoe genen geïdentificeerd en onderzocht kunnen worden. In het tweede deel leer je basisconcepten en vaardigheden van bioinformatica kennen en toepassen.
In het bijzonder leer je:
- De principes van homologe recombinatie tijdens de meiose, en genetische diversiteit die hierdoor ontstaat begrijpen,
- De definities van genetische termen en genoombiologie exact te beschrijven,
- De relatie tussen genotype en fenotype beschrijven a.d.h.v. termen als mutatie, linkage, incomplete penetrantie, X-inactivatie, transposons, redundancie, polygeniteit en dergelijke,
- Beschrijven en verklaren hoe genetische en genoomtechnieken worden gebruikt in onderzoek en toepassing (in bijv. de kliniek en in veredeling),
- Moleculair genetische, kwantitatief genetische en recombinante DNA technieken kunnen uitleggen, zelf doervoeren, toepassen en doorgronden,
- De systematische benadering van genetische vraagstellingen en problemen begrijpen en toepassen,
- Moleculair-genetische biologische problemen door onderzoek op te lossen,
- De voor- en nadelen benoemen van in vitro en in vivo modelsystemen,
- De achtergrond van het Human Genome Project begrijpen,
- De complexiteit van genomisch DNA m.b.t. opvouwen en de functies van coderende en niet-coderende sequentie kunnen uitleggen,
- Verklaren hoe mutaties (b.v. SNP’s, inserties en duplicaties), de evolutie van genomen beïnvloeden en de complexiteit in evolutie van soorten verhogen.
- Biologische databases op het internet vinden en op waarde schatten,
- Scripten in R en je ervaring met R uitbreiden,
- Hierarchische data clustering uitvoeren (handmatig en in R) en de resultaten interpreteren,
- Eenvoudige sequentie alignments maken met dynamic programming en deze interpreteren,
- Verschillen in evolutie van DNA- en eiwitsequenties bespreken en toepassen,
- De sterke en zwakke punten van het BLAST algoritme uitleggen,
- Handmatig eenvoudige fylogenetische bomen maken,
- Onderdelen van het model of evolution noemen waarmee maximum likelihood fylogenieën worden gemaakt,
- Verwantschap in fylogenetische bomen interpreteren: homologie, orthologie, paralogie
- Verschillen tussen genbomen en soortsbomen herkennen en verklaren: horizontal gene transfer, gene loss.
Vaardigheden
- Wetenschappelijke informatie zoeken, lezen, selecteren, evalueren en verwerken.
- Het systematisch benaderen van problemen en kritisch, creatief en probleemoplossend denken en werken.
- Aanleren van ‘systeemdenken’ in het algemeen en systeem-overstijgend denken met betrekking tot gezondheid en ziekte in het bijzonder.
- Beknopt en wetenschappelijk schrijven.
- Samenwerken in een team en onder tijdsdruk tot een product komen.
- Een onderzoekcyclus begrijpen en uitvoeren.
- Eigene onderzoekresultaten (data) kritisch analyseren en bediscuteren.
- De computer gebruiken om biologische vragen te beantwoorden; Bioinformatische tools toepassen.
- De ethische en maatschappelijke relevantie en consequenties van biologische onderwerpen discuteren.
- Door de docent gegeven feedback gebruiken om zichzelf te verbeteren.
Vakinhoudelijk
Ingangseisen
VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus bouwt voort op de kennis van ‘R’ die je in Kwantitatieve Biologie hebt opgedaan en op de kennis van Moleculaire Biologie.
Studiepad
In deze cursus doe je kennis en vaardigheden op de gebieden van genetica, genoombiologie en bioinformatica op, die de basis vormen voor veel vakken van niveau 2 en 3. De cursus is een kerncursus van het studiepaden Theoretische Biologie en Bioinformatica en is aanbevolen voor Celbiologie, Ontwikkelingsbiologie, Neurobiologie en Plantenbiologie.
Taal
Het onderwijs in deel 1 van de cursus, dus alle hoor- en werkcolleges, practicum, ethiek-discussie en toetsen (deeltentamen 1 en schrijfopdracht) van deel 1, worden in het Nederlands gegeven. Het leerboek is in het Engels.
In deel 2 van de cursus worden de hoorcolleges in het Engels gegeven. De werkcolleges worden in het Nederlands aangeboden. Het studiemateriaal voor hoor- en werkcolleges van deel 2 is in het Engels. Bij deeltentamen 2 worden de vragen zowel in het Nederlands als ook in het Engels aangeboden.
Inhoud
Modern genetisch onderzoek genereert steeds meer en steeds complexere data en is onlosmakelijk verbonden met bioinformatica. In deze cursus combineren we deze twee onderwerpen. Belangrijk einddoel is dat je in staat bent om complexe genetische en biologische systemen te doorgronden, toepassen en leert analyseren.
De cursus begint met het verkrijgen van kennis en inzicht in de algemene principes van klassieke en moleculaire genetica. Er zullen begrippen als epistase, redundantie en polygeniteit aan de orde komen en je krijgt inzicht in biotechnologische en andere toepassingen van genetica in bijvoorbeeld (planten-)veredeling en genome-wide association studies (GWAS). Je leert deze technieken aan gezondheids- en ziekte-gerelateerde fenomenen te relateren en bestudeert hoe genetische processen in combinatie met de omgeving bepalen hoe een organisme zich ontwikkelt en gedraagt. Tenslotte zal ook aan het bod komen hoe genetische processen zoals gen duplicaties of inserties de evolutie van genomen kan beïnvloeden en de complexiteit (van de evolutie van soorten) kan verhogen.
Onder voorbehoud: In een practicum (in het lab en in vitro) leer je belangrijke moleculair genetische (DNA)onderzoektechnieken toepassen, een labjournaal bij te houden en behaal je resultaten die je in deel 2 van de cursus met bio-informatische tools gaat analyseren.
Om de diep gelaagde complexiteit van biologische systemen beter te kunnen begrijpen worden tegenwoordig vaak experimenten gedaan waarbij grootschalige data (big data) wordt gegenereerd. Denk aan genomen/genomics (alle erfelijke informatie van een soort of individu), of metagenomen/metagenomics (alle erfelijke informatie van een biotoop of ecosysteem), transcriptomen/ transcriptomics (alle transcripten in een cel of weefsel.
In het tweede deel van deze cursus zal je kennismaken met de belangrijkste basisconcepten en vaardigheden uit de bioinformatica, waarbij de nadruk nu komt op sequentieanalyses. Verschillende typen ‘omics’ data zullen worden besproken, waarbij je evolutionaire basisprincipes leert gebruiken om specifieke voorspellingen te doen, bijvoorbeeld over de functie van een onbekend gen. Je leert hoe fundamentele algoritmen werken die gebruikt worden in de analyse van biologische datasets, zoals "models of evolution", sequentie alignment, homologie analyse, clustering, en fylogenie. Tot slot leer je ook hoe je data kunt analyseren met scripts in de programmeertaal R en met webtools.
Onderwijsvormen
Toetsing
Er zijn 2 tentamens in de cursus, deze worden digitaal afgenomen; deeltentamen 1 (genetica deel) en deeltentamen 2 (Bioinformatica deel).
Voor het eindcijfer tellen de volgende onderdelen mee: Deeltentamen 1, deeltentamen 2 en factsheets. Bij de computerpractica in het bioinformatica deel van de cursus dienen BB-toetsen gemaakt en worden. De weging van de verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt.
Studiemateriaal
VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus bouwt voort op de kennis van ‘R’ die je in Kwantitatieve Biologie hebt opgedaan en op de kennis van Moleculaire Biologie.
Studiepad
In deze cursus doe je kennis en vaardigheden op de gebieden van genetica, genoombiologie en bioinformatica op, die de basis vormen voor veel vakken van niveau 2 en 3. De cursus is een kerncursus van het studiepaden Theoretische Biologie en Bioinformatica en is aanbevolen voor Celbiologie, Ontwikkelingsbiologie, Neurobiologie en Plantenbiologie.
Taal
Het onderwijs in deel 1 van de cursus, dus alle hoor- en werkcolleges, practicum, ethiek-discussie en toetsen (deeltentamen 1 en schrijfopdracht) van deel 1, worden in het Nederlands gegeven. Het leerboek is in het Engels.
In deel 2 van de cursus worden de hoorcolleges in het Engels gegeven. De werkcolleges worden in het Nederlands aangeboden. Het studiemateriaal voor hoor- en werkcolleges van deel 2 is in het Engels. Bij deeltentamen 2 worden de vragen zowel in het Nederlands als ook in het Engels aangeboden.
Inhoud
Modern genetisch onderzoek genereert steeds meer en steeds complexere data en is onlosmakelijk verbonden met bioinformatica. In deze cursus combineren we deze twee onderwerpen. Belangrijk einddoel is dat je in staat bent om complexe genetische en biologische systemen te doorgronden, toepassen en leert analyseren.
De cursus begint met het verkrijgen van kennis en inzicht in de algemene principes van klassieke en moleculaire genetica. Er zullen begrippen als epistase, redundantie en polygeniteit aan de orde komen en je krijgt inzicht in biotechnologische en andere toepassingen van genetica in bijvoorbeeld (planten-)veredeling en genome-wide association studies (GWAS). Je leert deze technieken aan gezondheids- en ziekte-gerelateerde fenomenen te relateren en bestudeert hoe genetische processen in combinatie met de omgeving bepalen hoe een organisme zich ontwikkelt en gedraagt. Tenslotte zal ook aan het bod komen hoe genetische processen zoals gen duplicaties of inserties de evolutie van genomen kan beïnvloeden en de complexiteit (van de evolutie van soorten) kan verhogen.
Onder voorbehoud: In een practicum (in het lab en in vitro) leer je belangrijke moleculair genetische (DNA)onderzoektechnieken toepassen, een labjournaal bij te houden en behaal je resultaten die je in deel 2 van de cursus met bio-informatische tools gaat analyseren.
Om de diep gelaagde complexiteit van biologische systemen beter te kunnen begrijpen worden tegenwoordig vaak experimenten gedaan waarbij grootschalige data (big data) wordt gegenereerd. Denk aan genomen/genomics (alle erfelijke informatie van een soort of individu), of metagenomen/metagenomics (alle erfelijke informatie van een biotoop of ecosysteem), transcriptomen/ transcriptomics (alle transcripten in een cel of weefsel.
In het tweede deel van deze cursus zal je kennismaken met de belangrijkste basisconcepten en vaardigheden uit de bioinformatica, waarbij de nadruk nu komt op sequentieanalyses. Verschillende typen ‘omics’ data zullen worden besproken, waarbij je evolutionaire basisprincipes leert gebruiken om specifieke voorspellingen te doen, bijvoorbeeld over de functie van een onbekend gen. Je leert hoe fundamentele algoritmen werken die gebruikt worden in de analyse van biologische datasets, zoals "models of evolution", sequentie alignment, homologie analyse, clustering, en fylogenie. Tot slot leer je ook hoe je data kunt analyseren met scripts in de programmeertaal R en met webtools.
Onderwijsvormen
- De cursus is opgebouwd uit hoorcolleges, werkcolleges, practicum (onder voorbehoud), computerpractica, zelfstudie in groepen en individueel, maken van factsheets, Blackboard-toetsen en tentamens.
- De hoorcolleges dienen voorbereid te worden tijdens toegewezen zelfstudietijd.
- Tijdens de gehele cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je alle cursusinformatie en oefeningen.
Toetsing
Er zijn 2 tentamens in de cursus, deze worden digitaal afgenomen; deeltentamen 1 (genetica deel) en deeltentamen 2 (Bioinformatica deel).
Voor het eindcijfer tellen de volgende onderdelen mee: Deeltentamen 1, deeltentamen 2 en factsheets. Bij de computerpractica in het bioinformatica deel van de cursus dienen BB-toetsen gemaakt en worden. De weging van de verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt.
Studiemateriaal
- BIOLOGY; ‘A Global Approach’ 12e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2020, met toegangscode Mastering Biology (isbn 9781292345864).
- Tijdens de gehele cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je naast de algemene cursusinformatie, roosters, college-handouts, artikelen, werkcollegeopdrachten en oefeningen.
Werkvormen
Hoorcollege
Inzage
Practicum
Werkcollege
Inzage
Practicum
Werkcollege
Toetsing
Eindresultaat
Verplicht | Weging 100% | ECTS 7,5
Ingangseisen en voorkennis
Ingangseisen
Je moet inschreven staan voor de volgende opleiding:
- Biologie
Voorkennis
VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus bouwt voort op de kennis van ‘R’ die je in Kwantitatieve Biologie hebt opgedaan en op de kennis van Moleculaire Biologie.
Voertalen
- Nederlands
Cursusmomenten
Tentamens
Er is geen tentamenrooster beschikbaar voor deze cursus
Verplicht materiaal
| Materiaal | Omschrijving |
|---|---|
| BOEK | BIOLOGY; ‘A Global Approach’ 12e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2020, met toegangscode Mastering Biology (isbn 9781292345864). |
| BLOKBOEK | Tijdens de gehele cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je naast de algemene cursusinformatie, roosters, college-handouts, artikelen, werkcollegeopdrachten en oefeningen. |
Aanbevolen materiaal
Er is geen informatie over de aanbevolen literatuur bekend
Coördinator
| dr. L.M. Will | L.M.Will@uu.nl |
Docenten
| C.A. Eekhuis MSc | C.A.Eekhuis@uu.nl |
| J.B. van Vulpen | j.b.vanvulpen@uu.nl |
| S. de Valck MSc | s.devalck@uu.nl |
| E. Hauptfeld MSc | e.hauptfeld@uu.nl |
| dr. L.M. Will | L.M.Will@uu.nl |
Inschrijving
Let op: deze cursus is niet toegankelijk voor studenten van andere faculteiten, bijvakkers mogen zich dus niet inschrijven.
Inschrijving
Van maandag 29 januari 2024 tot en met vrijdag 23 februari 2024
Na-inschrijving
Van dinsdag 2 april 2024 tot en met woensdag 3 april 2024
Inschrijving niet geopend
Permanente link naar de cursuspagina
Laat in de Cursus-Catalogus zien
klikt, stop je een vak in je rugzak, zodat je dit vak door de rest van de CursusPlanner mee kunt nemen.