Uw huidige browser heeft updates nodig. Zolang u niet update zullen bepaalde functionaliteiten op de website niet beschikbaar zijn.
Let op: het geselecteerde rooster heeft overlappende bijeenkomsten.
Volgens onze gegevens heb je nog geen vakken behaald.
Je planning is nog niet opgeslagen
Let op! Uw planning heeft vakken in dezelfde periode met overlappend timeslot
Genomica
Cursusdoel
Leerdoelen
In het eerste deel van de cursus krijg je inzicht in de principes en concepten van klassieke- en systeemgenetica, genetische technieken, genotype-fenotype interacties en hoe genen geïdentificeerd en onderzocht kunnen worden. In het tweede deel leer je basisconcepten en vaardigheden van bioinformatica kennen en toepassen.
In het bijzonder leer je:
Vaardigheden
In het eerste deel van de cursus krijg je inzicht in de principes en concepten van klassieke- en systeemgenetica, genetische technieken, genotype-fenotype interacties en hoe genen geïdentificeerd en onderzocht kunnen worden. In het tweede deel leer je basisconcepten en vaardigheden van bioinformatica kennen en toepassen.
In het bijzonder leer je:
- De principes van homologe recombinatie tijdens de meiose, en genetische diversiteit die hierdoor ontstaat begrijpen,
- De definities van genetische termen en genoombiologie exact te beschrijven,
- De relatie tussen genotype en fenotype beschrijven a.d.h.v. termen als mutatie, linkage, incomplete penetrantie, X-inactivatie, transposons, redundancie, polygeniteit,
- Beschrijven en verklaren hoe genetische en genoomtechnieken worden gebruikt in onderzoek en toepassing (in bijv. de kliniek en in veredeling),
- Moleculair genetische, kwantitatief genetische en recombinante DNA technieken kunnen uitleggen, zelf uitvoeren, toepassen en doorgronden,
- De systematische benadering van genetische vraagstellingen en problemen begrijpen en toepassen,
- Moleculair-genetische biologische problemen door onderzoek op te lossen,
- De voor- en nadelen benoemen van in vitro en in vivo modelsystemen,
- De achtergrond van het Human Genome Project begrijpen,
- De complexiteit van genomisch DNA m.b.t. opvouwen en de functies van coderende en niet-coderende sequentie kunnen uitleggen,
- Verklaren hoe mutaties (b.v. SNP’s, inserties en duplicaties), de evolutie van genomen beïnvloeden en de complexiteit in evolutie van soorten verhogen.
- Biologische databases op het internet vinden en op waarde schatten,
- Scripten in R en je ervaring met R uitbreiden,
- Hierarchische data clustering uitvoeren (handmatig en in R) en de resultaten interpreteren,
- Eenvoudige sequentie alignments maken met dynamic programming en deze interpreteren,
- Verschillen in evolutie van DNA- en eiwitsequenties bespreken en toepassen,
- De sterke en zwakke punten van het BLAST algoritme uitleggen,
- Handmatig eenvoudige fylogenetische bomen maken,
- Onderdelen van het model of evolution noemen waarmee maximum likelihood fylogenieën worden gemaakt,
- Verwantschap in fylogenetische bomen interpreteren: homologie, orthologie, paralogie
- Verschillen tussen genbomen en soortsbomen herkennen en verklaren: horizontal gene transfer, gene loss.
Vaardigheden
- Wetenschappelijke informatie zoeken, lezen, selecteren, evalueren en verwerken.
- Het systematisch benaderen van problemen en kritisch, creatief en probleemoplossend denken en werken.
- Aanleren van ‘systeemdenken’ in het algemeen en systeem-overstijgend denken met betrekking tot gezondheid en ziekte in het bijzonder.
- Beknopt en wetenschappelijk schrijven.
- Samenwerken in een team en onder tijdsdruk tot een product komen.
- Een onderzoekcyclus begrijpen en uitvoeren.
- Praktische moleculairbiologische labvaardigheden opdoen en verdiepen.
- Eigene onderzoekresultaten (data) kritisch analyseren en bediscuteren.
- De computer gebruiken om biologische vragen te beantwoorden; Bioinformatische tools toepassen.
- De ethische en maatschappelijke relevantie en consequenties van biologische onderwerpen discuteren.
- Door de docent gegeven feedback gebruiken om zichzelf te verbeteren.
| Vaardigheden | Onderdeel van de cursus | Expliciet getoetst? |
| Schrijven | Schrijfopdrachten (deel 1 van de cursus): factsheet; Practicum (deel 1 van de cursus): labjournaal; (deel 2 van de cursus): poster. |
JA: factsheet en poster. De factsheet telt voor 10 % en de poster voor 5 % mee aan het eindcijfer. Het voeren van een labjournaal in de LabBuddy omgeving is verplicht onderdeel van de cursus. |
| Mondeling presenteren | NEE | NEE |
| Omgaan met data | Practicum (deel 1): labjournaal; Bioinformatica hoor- en werkcolleges en poster (deel 2) |
JA: Deeltoets 2 en Blackboard-toetsen. De inhoud van de bioinformatica colleges wordt in deeltoets 2 en in kleine Blackboard-toetsen getoetst. Op het poster worden de eigene onderzoekresultaten presenteert. |
| Praktische onderzoeksvaardigheden | Practicum (deel 1) | NEE. Het praktisch werk wordt niet met een cijfer beoordeeld, maar is verplicht onderdeel van de cursus. |
| Samenwerken | Schrijfopdracht (deel 1 van de cursus): factsheets |
De samenwerking wordt niet direct beoordeeld met een cijfer, maar het cijfer voor de factsheets is een groepscijfer. |
| Kritisch denken | Ethiek-discussie (deel 1 en 2) | NEE. De Ethiek-discussie is verplicht maar wordt niet beoordeeld. |
Vakinhoudelijk
Ingangseisen
VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus bouwt voort op de kennis van ‘R’ die je in Kwantitatieve Biologie hebt opgedaan en op de kennis van Moleculaire Biologie.
Studie-interesserichting
In deze cursus doe je kennis en vaardigheden op de gebieden van genetica, genoombiologie en bioinformatica op, die de basis vormen voor veel vakken van niveau 2 en 3. De cursus is een kerncursus van de studie-interesserichtingen Theoretische Biologie en Bioinformatica en ontwikkelingsbiologie en is aanbevolen voor Celbiologie, Neurobiologie en Plantenbiologie.
Taal
Het onderwijs in deel 1 van de cursus, dus alle hoor- en werkcolleges, practicum, ethiek-discussie en toetsen (deeltentamen 1 en schrijfopdracht) van deel 1, worden in het Nederlands gegeven. Het leerboek is in het Engels.
In deel 2 van de cursus worden de hoorcolleges in het Engels gegeven. De werkcolleges worden in het Nederlands aangeboden. Het studiemateriaal voor hoor- en werkcolleges van deel 2 is in het Engels. Bij deeltentamen 2 worden de vragen zowel in het Nederlands als ook in het Engels aangeboden. De schrijfopdracht van deel 1&2 (poster) mag in het Nederlands worden geschreven.
Inhoud
Modern genetisch onderzoek genereert steeds meer en steeds complexere data en is onlosmakelijk verbonden met bioinformatica. In deze cursus combineren we deze twee onderwerpen. Belangrijk einddoel is dat je in staat bent om complexe genetische en biologische systemen te doorgronden, toepassen en leert analyseren.
De cursus begint met het verkrijgen van kennis en inzicht in de algemene principes van klassieke en moleculaire genetica. Er zullen begrippen als epistase, redundantie en polygeniteit aan de orde komen en je krijgt inzicht in biotechnologische en andere toepassingen van genetica in bijvoorbeeld (planten-)veredeling en genome-wide association studies (GWAS). Je leert deze technieken aan gezondheids- en ziekte-gerelateerde fenomenen te relateren en bestudeert hoe genetische processen in combinatie met de omgeving bepalen hoe een organisme zich ontwikkelt en gedraagt. Tenslotte zal ook aan het bod komen hoe genetische processen zoals gen duplicaties of inserties de evolutie van genomen kan beïnvloeden en de complexiteit (van de evolutie van soorten) kan verhogen.
In een practicum (in het veld, in het lab en in vitro) leer je belangrijke moleculair genetische (DNA)onderzoektechnieken toepassen, een labjournaal bij te houden en behaal je resultaten die je in deel 2 van de cursus met bio-informatische tools gaat analyseren.
Om de diep gelaagde complexiteit van biologische systemen beter te kunnen begrijpen worden tegenwoordig vaak experimenten gedaan waarbij grootschalige data (“big data”) wordt gegenereerd. Denk aan genomen/genomics (alle erfelijke informatie van een soort of individu), of metagenomen/metagenomics (alle erfelijke informatie van een biotoop of ecosysteem), transcriptomen/ transcriptomics (alle transcripten in een cel of weefsel.
In het tweede deel van deze cursus zal je kennismaken met de belangrijkste
basisconcepten en vaardigheden uit de bioinformatica, waarbij de nadruk nu komt op sequentieanalyses. Verschillende typen ‘omics’ data zullen worden besproken, waarbij je evolutionaire basisprincipes leert gebruiken om specifieke voorspellingen te doen, bijvoorbeeld over de functie van een onbekend gen. Je leert hoe fundamentele algoritmen werken die gebruikt worden in de analyse van biologische datasets, zoals "models of evolution", sequentie alignment, homologie analyse, clustering, en fylogenie. Tot slot leer je ook hoe je data kunt analyseren met scripts in de programmeertaal R en met webtools.
Onderwijsvormen
De cursus is opgebouwd uit hoorcolleges, werkcolleges, practicum, computerpractica, zelfstudie in groepen en individueel, het maken van een factsheet een poster met de eigen onderzoekresultaten, Blackboard-toetsen en twee deeltentamens. De hoorcolleges dienen voorbereid te worden tijdens toegewezen zelfstudietijd. Tijdens de gehele cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je alle cursusinformatie en oefeningen.
Toetsing
De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende (5,5 of hoger) haalt als eindcijfer.
Er zijn 2 tentamens in de cursus, deze worden digitaal afgenomen; deeltentamen 1 (genetica deel) en deeltentamen 2 (Bioinformatica deel). Verder zijn er twee schrijopdrachten; een factsheet en een poster. Beide opdrachten zijn groepsopdrachten en worden met een groepscijfer beoordeeld. Bij de computerpractica in het bioinformatica deel van de cursus dienen BB-toetsen gemaakt en worden
Voor het eindcijfer tellen de volgende onderdelen mee: Deeltentamen 1, deeltentamen 2, factsheet, poster en Blackboard-toetsen.. De weging van de verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt.
Studiemateriaal
Verplicht:
Bij het practicum werken we met het programma ‘LabBuddy’. Je krijgt bij cursusbegin toegang naar de LabBuddy omgeving van deze cursus. Daar staat ook de practicumhandleiding.
VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus bouwt voort op de kennis van ‘R’ die je in Kwantitatieve Biologie hebt opgedaan en op de kennis van Moleculaire Biologie.
Studie-interesserichting
In deze cursus doe je kennis en vaardigheden op de gebieden van genetica, genoombiologie en bioinformatica op, die de basis vormen voor veel vakken van niveau 2 en 3. De cursus is een kerncursus van de studie-interesserichtingen Theoretische Biologie en Bioinformatica en ontwikkelingsbiologie en is aanbevolen voor Celbiologie, Neurobiologie en Plantenbiologie.
Taal
Het onderwijs in deel 1 van de cursus, dus alle hoor- en werkcolleges, practicum, ethiek-discussie en toetsen (deeltentamen 1 en schrijfopdracht) van deel 1, worden in het Nederlands gegeven. Het leerboek is in het Engels.
In deel 2 van de cursus worden de hoorcolleges in het Engels gegeven. De werkcolleges worden in het Nederlands aangeboden. Het studiemateriaal voor hoor- en werkcolleges van deel 2 is in het Engels. Bij deeltentamen 2 worden de vragen zowel in het Nederlands als ook in het Engels aangeboden. De schrijfopdracht van deel 1&2 (poster) mag in het Nederlands worden geschreven.
Inhoud
Modern genetisch onderzoek genereert steeds meer en steeds complexere data en is onlosmakelijk verbonden met bioinformatica. In deze cursus combineren we deze twee onderwerpen. Belangrijk einddoel is dat je in staat bent om complexe genetische en biologische systemen te doorgronden, toepassen en leert analyseren.
De cursus begint met het verkrijgen van kennis en inzicht in de algemene principes van klassieke en moleculaire genetica. Er zullen begrippen als epistase, redundantie en polygeniteit aan de orde komen en je krijgt inzicht in biotechnologische en andere toepassingen van genetica in bijvoorbeeld (planten-)veredeling en genome-wide association studies (GWAS). Je leert deze technieken aan gezondheids- en ziekte-gerelateerde fenomenen te relateren en bestudeert hoe genetische processen in combinatie met de omgeving bepalen hoe een organisme zich ontwikkelt en gedraagt. Tenslotte zal ook aan het bod komen hoe genetische processen zoals gen duplicaties of inserties de evolutie van genomen kan beïnvloeden en de complexiteit (van de evolutie van soorten) kan verhogen.
In een practicum (in het veld, in het lab en in vitro) leer je belangrijke moleculair genetische (DNA)onderzoektechnieken toepassen, een labjournaal bij te houden en behaal je resultaten die je in deel 2 van de cursus met bio-informatische tools gaat analyseren.
Om de diep gelaagde complexiteit van biologische systemen beter te kunnen begrijpen worden tegenwoordig vaak experimenten gedaan waarbij grootschalige data (“big data”) wordt gegenereerd. Denk aan genomen/genomics (alle erfelijke informatie van een soort of individu), of metagenomen/metagenomics (alle erfelijke informatie van een biotoop of ecosysteem), transcriptomen/ transcriptomics (alle transcripten in een cel of weefsel.
In het tweede deel van deze cursus zal je kennismaken met de belangrijkste
basisconcepten en vaardigheden uit de bioinformatica, waarbij de nadruk nu komt op sequentieanalyses. Verschillende typen ‘omics’ data zullen worden besproken, waarbij je evolutionaire basisprincipes leert gebruiken om specifieke voorspellingen te doen, bijvoorbeeld over de functie van een onbekend gen. Je leert hoe fundamentele algoritmen werken die gebruikt worden in de analyse van biologische datasets, zoals "models of evolution", sequentie alignment, homologie analyse, clustering, en fylogenie. Tot slot leer je ook hoe je data kunt analyseren met scripts in de programmeertaal R en met webtools.
Onderwijsvormen
De cursus is opgebouwd uit hoorcolleges, werkcolleges, practicum, computerpractica, zelfstudie in groepen en individueel, het maken van een factsheet een poster met de eigen onderzoekresultaten, Blackboard-toetsen en twee deeltentamens. De hoorcolleges dienen voorbereid te worden tijdens toegewezen zelfstudietijd. Tijdens de gehele cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je alle cursusinformatie en oefeningen.
Toetsing
De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende (5,5 of hoger) haalt als eindcijfer.
Er zijn 2 tentamens in de cursus, deze worden digitaal afgenomen; deeltentamen 1 (genetica deel) en deeltentamen 2 (Bioinformatica deel). Verder zijn er twee schrijopdrachten; een factsheet en een poster. Beide opdrachten zijn groepsopdrachten en worden met een groepscijfer beoordeeld. Bij de computerpractica in het bioinformatica deel van de cursus dienen BB-toetsen gemaakt en worden
Voor het eindcijfer tellen de volgende onderdelen mee: Deeltentamen 1, deeltentamen 2, factsheet, poster en Blackboard-toetsen.. De weging van de verschillende onderdelen en de regels voor herkansing worden aan het begin van de cursus bekend gemaakt.
Studiemateriaal
Verplicht:
- BIOLOGY; ‘A Global Approach’ 12e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2020, met toegangscode Mastering Biology (isbn 9781292345864).
Bij het practicum werken we met het programma ‘LabBuddy’. Je krijgt bij cursusbegin toegang naar de LabBuddy omgeving van deze cursus. Daar staat ook de practicumhandleiding.
Werkvormen
Hoorcollege
Hoorcollege 1
Inzage
Practicum
Werkcollege
Hoorcollege 1
Inzage
Practicum
Werkcollege
Toetsing
Eindresultaat
Verplicht | Weging 100% | ECTS 7,5
Ingangseisen en voorkennis
Ingangseisen
Je moet inschreven staan voor de volgende opleiding:
- Biologie
Voorkennis
VWO met profiel Natuur en Gezondheid met natuurkunde of Natuur en Techniek met biologie. De cursus bouwt voort op de kennis van ‘R’ die je in Kwantitatieve Biologie hebt opgedaan en op de kennis van Moleculaire Biologie.
Voertalen
- Nederlands
Cursusmomenten
Tentamens
Er is geen tentamenrooster beschikbaar voor deze cursus
Verplicht materiaal
| Materiaal | Omschrijving |
|---|---|
| BOEK | BIOLOGY; ‘A Global Approach’ 12e editie, Pearson Education Inc., San Francisco, 2020, met toegangscode Mastering Biology (isbn 9781292345864). |
| BLOKBOEK | Tijdens de gehele cursus krijg je ondersteuning via Blackboard. Hier vind je naast de algemene cursusinformatie, roosters, college-handouts, artikelen, werkcollegeopdrachten en oefeningen. Bij het practicum werken we met het programma ‘LabBuddy’. Je krijgt bij cursusbegin toegang naar de LabBuddy omgeving van deze cursus. Daar staat ook de practicumhandleiding. |
Aanbevolen materiaal
Er is geen informatie over de aanbevolen literatuur bekend
Coördinator
| dr. L.M. Will | L.M.Will@uu.nl |
Docenten
| C.A. Eekhuis MSc | C.A.Eekhuis@uu.nl |
| J.B. van Vulpen | j.b.vanvulpen@uu.nl |
| S. de Valck MSc | s.devalck@uu.nl |
| E. Hauptfeld MSc | e.hauptfeld@uu.nl |
| dr. L.M. Will | L.M.Will@uu.nl |
Inschrijving
Let op: deze cursus is niet toegankelijk voor studenten van andere faculteiten, bijvakkers mogen zich dus niet inschrijven.
Inschrijving
Van maandag 27 januari 2025 tot en met vrijdag 7 februari 2025
Inschrijving niet geopend
Permanente link naar de cursuspagina
Laat in de Cursus-Catalogus zien
klikt, stop je een vak in je rugzak, zodat je dit vak door de rest van de CursusPlanner mee kunt nemen.