Uw huidige browser heeft updates nodig. Zolang u niet update zullen bepaalde functionaliteiten op de website niet beschikbaar zijn.
Let op: het geselecteerde rooster heeft overlappende bijeenkomsten.
Volgens onze gegevens heb je nog geen vakken behaald.
Je planning is nog niet opgeslagen
Let op! Uw planning heeft vakken in dezelfde periode met overlappend timeslot
Biologische modellering
Cursusdoel
Leerdoelen
In deze cursus leer je:
Vaardigheden
Lezen en analyseren van wetenschappelijk artikelen, beroeps specifieke tools, computer als leeromgeving, programmeren in R, uitvoeren van de onderzoekscyclus, omgaan met complexe systemen, mondelinge rapportage (Engels), schriftelijke rapportage (Engels). Tijdens de cursus introduceren we ook een aantal nieuwe wiskundige concepten zoals: matrix, eigenwaarde, partiele afgeleiden, Jacobi matrix en complexe getallen.
In deze cursus leer je:
- wiskundige modellen lezen, begrijpen (kunnen toelichten) en bekritiseren,
- klassieke modellen voor populatiedynamica begrijpen en herkennen,
- nieuwe wiskundige modellen opstellen voor biologische vraagstukken,
- theoretische resultaten vertalen naar een biologische interpretatie,
- dynamica van populaties op een computer simuleren en analyseren,
- toepassen van begrippen als stabiliteit, periodiek gedrag, attractor, hysterese, en complex systemen,
- een mondelinge presentatie maken en presenteren (in het Engels),
- schriftelijk rapporteren (in het Engels).
Vaardigheden
Lezen en analyseren van wetenschappelijk artikelen, beroeps specifieke tools, computer als leeromgeving, programmeren in R, uitvoeren van de onderzoekscyclus, omgaan met complexe systemen, mondelinge rapportage (Engels), schriftelijke rapportage (Engels). Tijdens de cursus introduceren we ook een aantal nieuwe wiskundige concepten zoals: matrix, eigenwaarde, partiele afgeleiden, Jacobi matrix en complexe getallen.
| Vaardigheden | Onderdeel van de cursus | Expliciet getoetst? |
| Schrijven | X | X |
| Mondeling presenteren | X | X |
| Omgaan met data | X | X |
| Praktische onderzoeksvaardigheden | ||
| Onderzoeksvaardigheden | X | X |
| Samenwerken | X | |
| Kritisch denken | X | |
| Loopbaanoriëntatie | ||
| Interdisciplinariteit | X |
Vakinhoudelijk
Ingangseisen
Kwantitatieve Biologie (voormalige Systeembiologie, jaar 1) of vergelijkbare kennis. Je kunt deze cursus niet volgen als je de voormalige cursus Theoretische ecologie reeds behaald hebt.
Studie-interesserichting
Deze cursus is onderdeel van de studie-interesserichtingen Theoretische Biologie & Bioinformatica en Ecologie en Natuurbeheer en is aanbevolen voor Evolutiebiologie, Gedragsbiologie, Mariene wetenschappen, Plantenbiologie, Neurobiologie en Microbiologie.
Taal
De cursus wordt volledig in het Engels gegeven.
Inhoud
Theoretisch onderzoek speelt een belangrijke rol in de biologie. De cursus behandelt een groot aantal wiskundige modellen om te laten zien hoe men de dynamica van biologische populaties kan beschrijven en begrijpen. Voorbeelden van deze populatiedynamica zijn: ecologische voedselketens, epidemiologische modellen, bacteriën geïnfecteerd door fagen en populaties van cellen. Studenten worden vertrouwd gemaakt met het opstellen en analyseren van wiskundige modellen. Wiskundige modellen zouden na deze cursus niet langer als ‘black box’ beschouwd mogen worden. De biologische consequenties van wiskundige resultaten moeten gewogen worden aan de hand van de aannames van het model.
Klassieke wiskundige modellen worden opnieuw afgeleid. Door modellen zelf af te leiden uit eenvoudige biologische aannames leert de student dergelijke modellen kritisch te beschouwen en doet de student ervaring op met het zelf ontwikkelen van wiskundige modellen. De student leert de resultaten verkregen met dergelijke modellen te vertalen naar een biologische interpretatie. Inclusief een paar colleges wiskunde duurt dit onderdeel 6 weken. Het wordt afgesloten met een tentamen in week 7.
Tijdens de laatste 3 weken van de cursus lezen en bespreken we een aantal wetenschappelijke artikelen, en werk je in een kleine groep aan een project dat veelal begint met resultaten van een recente wetenschappelijke publicatie. In deze opdracht breng je nieuwe kennis in praktijk, lees je primaire literatuur, en doorloop je de onderzoekcyclus van vraagstelling, naar onderzoek, naar het presenteren van je resultaten (totaal 3 weken, afgesloten met een symposium en schriftelijk verslag in het Engels).
Onderwijsvormen
Nieuwe stof wordt uitgelegd in interactieve hoorcolleges. De stof wordt uitgebreid geoefend in werkcolleges met pen-en-papier opgaven en computersimulaties. We lezen en bespreken wetenschappelijke artikelen. In week 8-10 doorloop je de onderzoekcyclus en werk je zo zelfstandig mogelijk aan een groot project. Er wordt ruim tijd gereserveerd voor zelfstudie.
Toetsing
De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende (5,5 of hoger) haalt als eindcijfer. De eerste toets is een schriftelijk `gesloten boek tentamen’ dat gaat over alle stof behandeld in week 1-6 (en beschreven in de readers). De tweede korte toets is een schriftelijk `open boek tentamen’ en gaat wederom over alle stof plus de artikelen die besproken worden in week 8 en 9. De derde toets is de mondelinge en schriftelijke presentatie over het project (in groepsvorm). De onderdelen tellen als volgt mee:
Studiemateriaal
Verplicht:
Extra informatie over de cursus kun je vinden op http://tbb.bio.uu.nl/rdb/bm
Kwantitatieve Biologie (voormalige Systeembiologie, jaar 1) of vergelijkbare kennis. Je kunt deze cursus niet volgen als je de voormalige cursus Theoretische ecologie reeds behaald hebt.
Studie-interesserichting
Deze cursus is onderdeel van de studie-interesserichtingen Theoretische Biologie & Bioinformatica en Ecologie en Natuurbeheer en is aanbevolen voor Evolutiebiologie, Gedragsbiologie, Mariene wetenschappen, Plantenbiologie, Neurobiologie en Microbiologie.
Taal
De cursus wordt volledig in het Engels gegeven.
Inhoud
Theoretisch onderzoek speelt een belangrijke rol in de biologie. De cursus behandelt een groot aantal wiskundige modellen om te laten zien hoe men de dynamica van biologische populaties kan beschrijven en begrijpen. Voorbeelden van deze populatiedynamica zijn: ecologische voedselketens, epidemiologische modellen, bacteriën geïnfecteerd door fagen en populaties van cellen. Studenten worden vertrouwd gemaakt met het opstellen en analyseren van wiskundige modellen. Wiskundige modellen zouden na deze cursus niet langer als ‘black box’ beschouwd mogen worden. De biologische consequenties van wiskundige resultaten moeten gewogen worden aan de hand van de aannames van het model.
Klassieke wiskundige modellen worden opnieuw afgeleid. Door modellen zelf af te leiden uit eenvoudige biologische aannames leert de student dergelijke modellen kritisch te beschouwen en doet de student ervaring op met het zelf ontwikkelen van wiskundige modellen. De student leert de resultaten verkregen met dergelijke modellen te vertalen naar een biologische interpretatie. Inclusief een paar colleges wiskunde duurt dit onderdeel 6 weken. Het wordt afgesloten met een tentamen in week 7.
Tijdens de laatste 3 weken van de cursus lezen en bespreken we een aantal wetenschappelijke artikelen, en werk je in een kleine groep aan een project dat veelal begint met resultaten van een recente wetenschappelijke publicatie. In deze opdracht breng je nieuwe kennis in praktijk, lees je primaire literatuur, en doorloop je de onderzoekcyclus van vraagstelling, naar onderzoek, naar het presenteren van je resultaten (totaal 3 weken, afgesloten met een symposium en schriftelijk verslag in het Engels).
Onderwijsvormen
Nieuwe stof wordt uitgelegd in interactieve hoorcolleges. De stof wordt uitgebreid geoefend in werkcolleges met pen-en-papier opgaven en computersimulaties. We lezen en bespreken wetenschappelijke artikelen. In week 8-10 doorloop je de onderzoekcyclus en werk je zo zelfstandig mogelijk aan een groot project. Er wordt ruim tijd gereserveerd voor zelfstudie.
Toetsing
De cursus is voldoende afgerond als je een voldoende (5,5 of hoger) haalt als eindcijfer. De eerste toets is een schriftelijk `gesloten boek tentamen’ dat gaat over alle stof behandeld in week 1-6 (en beschreven in de readers). De tweede korte toets is een schriftelijk `open boek tentamen’ en gaat wederom over alle stof plus de artikelen die besproken worden in week 8 en 9. De derde toets is de mondelinge en schriftelijke presentatie over het project (in groepsvorm). De onderdelen tellen als volgt mee:
- Deeltentamen 1: 50%
- Deeltentamen 2: 25%
- Project: 25%
Studiemateriaal
Verplicht:
- We vragen je R en RStudio op de laptop te installeren. Mathematica is eventueel beschikbaar via MyWorkPlace.
- We verstrekken een aantal e-boeken en artikelenbundels: (1) het e-boek “Biological Modeling of Populations”, (2) het antwoordenboek hiervan, (3) het e-boek “Matrices, Linearization, and the Jacobi matrix”, en (4) een bundel artikelen (alles tegen kostprijs). De e-boeken zijn ook verkrijgbaar via de publieke website van de cursus http://tbb.bio.uu.nl/rdb/bm.
Extra informatie over de cursus kun je vinden op http://tbb.bio.uu.nl/rdb/bm
Werkvormen
Hoorcollege
Werkcollege
Werkcollege
Toetsing
Eindresultaat
Verplicht | Weging 100% | ECTS 7,5
Ingangseisen en voorkennis
Ingangseisen
Je moet inschreven staan voor een van de volgende opleidingen:
- Scheikunde
- Biologie
Voorkennis
Kwantitatieve Biologie (voormalige Systeembiologie, jaar 1) of vergelijkbare kennis. Je kunt deze cursus niet volgen als je de voormalige cursus Theoretische ecologie reeds behaald hebt.
Voertalen
- Engels
Cursusmomenten
Tentamens
Er is geen tentamenrooster beschikbaar voor deze cursus
Verplicht materiaal
| Materiaal | Omschrijving |
|---|---|
| BOEK | - We verstrekken een aantal e-boeken en artikelenbundels: (1) het e-boek “Biological Modeling of Populations”, (2) het antwoordenboek hiervan, (3) het e-boek “Matrices, Linearization, and the Jacobi matrix”, en (4) een bundel artikelen (alles tegen kostprijs). De e-boeken zijn ook verkrijgbaar via de publieke website van de cursus http://tbb.bio.uu.nl/rdb/bm. |
| SOFTWARE | We vragen je R en RStudio op de laptop te installeren. Mathematica is eventueel beschikbaar via MyWorkPlace. |
Aanbevolen materiaal
Er is geen informatie over de aanbevolen literatuur bekend
Coördinator
| prof. dr. R.J. de Boer | R.J.deBoer@uu.nl |
Docenten
| prof. dr. R.J. de Boer | R.J.deBoer@uu.nl |
Inschrijving
Let op: deze cursus is niet toegankelijk voor studenten van andere faculteiten, bijvakkers mogen zich dus niet inschrijven.
Inschrijving
Van maandag 16 september 2024 tot en met vrijdag 27 september 2024
Na-inschrijving
Van maandag 21 oktober 2024 tot en met dinsdag 22 oktober 2024
Inschrijving niet geopend
Permanente link naar de cursuspagina
Laat in de Cursus-Catalogus zien
klikt, stop je een vak in je rugzak, zodat je dit vak door de rest van de CursusPlanner mee kunt nemen.